liCHi-C鉴定可能与疾病病因有关的细胞类型。GWAS在启动子相互作用区域(pir)的富集，按细胞类型进行汇总统计。坐标轴反映了两种不同组织组比较的Blockshifter z评分:髓系与淋巴系(y轴)，未分化与分化细胞(x轴)。特征按类别进行标记和着色:自身免疫疾病(红色)、淋巴特征(黄色)、髓系特征(绿色)、血癌(蓝色)和其他(紫色)。SBP收缩压、DBP舒张压、FNBD股骨颈骨密度、DEP抑郁、AUT自闭症、LDL低密度脂蛋白、BMI体重指数、GLC葡萄糖敏感性、TC总胆固醇、TG甘油三酯、T2D II型糖尿病、PBC原发性胆汁性肝硬化、T1D I型糖尿病、RA类风湿性关节炎、SLE系统性红斑狼疮、MS多发性硬化症、CD克hn病、CEL乳糜泻、BC b细胞绝对计数、WBCC白细胞计数、CD4regC CD4调节性t细胞绝对计数，nCD8C naive CD8+ t细胞绝对计数，HL霍奇金淋巴瘤，Leu白血病，NHL_1非霍奇金淋巴瘤1,NHL_2非霍奇金淋巴瘤2,PLHMN原发性和造血恶性肿瘤，LLC91淋巴样白血病，CLL慢性淋巴细胞白血病，LL_1淋巴样白血病1,LL_2淋巴样白血病2,MC单核细胞计数，MWCC髓系白细胞计数，MCHC平均红细胞血红蛋白浓度，MCH平均红细胞血红蛋白，MCV平均红细胞体积，MPV平均血小板体积，PC血小板计数，RBCC红细胞计数。以内皮细胞为对照，不同细胞类型的启动子相互作用区域(PIRs)的z-评分汇总统计数据。对于每一种特征，已在每一种细胞类型与对照内皮前体之间进行了比较。绿色表示在标记组织中富集; blue indicates enrichment in the endothelial cell control. HSC hematopoietic stem cell, CMP common myeloid progenitor, CLP common B-cell lymphoid progenitor, MK megakaryocytes, Mon monocytes, Ery erythroblasts, nB naive B cell, nCD4 naive CD4+细胞，nCD8幼稚CD8+细胞。信贷:自然通讯(2023)。DOI: 10.1038 / s41467 - 023 - 35911 - 8
长期以来，癌症遗传学和表观遗传学研究人员一直专注于基因和蛋白质的改变，以了解是什么导致细胞癌变和恶性。在细胞核中，高度复杂的基因网络之间存在串扰，由分散的小调控元件通过DNA区域的物理接触控制。
许多癌症由于DNA的获得、丢失或重排而显示出这种串接的改变。虽然基因可能完全没问题，但在细胞核中处于不同的位置会破坏它们与调控元件的物理接触能力。这种相互作用网络的研究，被称为相互作用组，是最具挑战性和未知的领域之一癌症生物学．
分析交互组并不是一项简单的任务。在仔细提取癌细胞的DNA后，科学家采取了一切可能的预防措施，以避免破坏基因组中“相互交谈”的部分，然后使用一些生化技巧将它们连接在一起，以揭示哪些基因和调控元件存在物理接触。通过比较健康细胞和癌症细胞在美国，研究人员希望了解恶性肿瘤的异常“话语”。
到目前为止，这种方法需要相当数量的DNA才能成功，因此，由于活检获得的样本量有限，在临床环境中没有用处。但这种情况可能会因为lichi - c而改变，这是由约瑟夫·卡雷拉斯白血病研究所的Biola M. javier博士领导的3D染色质组织实验室开发的一种新方法，
在最近出版的自然通讯，研究人员表明，特定肿瘤的相互作用组可以直接从患者样本中分析，而不是从体外模型中分析，这是一个巨大的飞跃。这一成就依赖于liCHi-C这一事实，它是对之前启动子捕获Hi-C (PCHi-C)方法的改进，只需5万个细胞即可工作，而不是其他方法所需的数百万个细胞。这种样本量的大幅减少是可能的，这要归功于精简的实验方案与新的生物信息学工具的结合。
研究人员与来自何塞普·卡雷拉斯研究所、巴塞罗那超级计算中心、惠康- mrc剑桥干细胞研究所、桑特·琼德Déu、IDIBAPS和医院诊所等的同事一起，已经能够在开发中提高交互组图的分辨率造血干细胞来自健康的捐赠者癌症患者使他们能够识别白血病中发生的改变网络。此外，他们还展示了如何使用liCHi-C以更高的精度识别大型DNA重排，并揭示非编码改变在癌症发展中的作用。
了解癌细胞中的异常串扰可能有助于开发新的治疗方法，旨在破坏癌细胞内部的“有毒串扰”。我们离临床还很遥远，但liCHi-C是朝着更广泛、更丰富地描述癌细胞内部发生的事情迈出的第一步，这是生物医学研究的目标之一。ob欧宝直播nba
更多信息:Laureano Tomás-Daza等人，低输入捕获Hi-C (liCHi-C)在高分辨率下识别启动子-增强子相互作用，自然通讯(2023)。DOI: 10.1038 / s41467 - 023 - 35911 - 8
引用:精确的方法来窥探癌细胞的内部工作，解锁2023年1月26日从//www.puressens.com/news/2023-01-refined-method-peer-cancer-cells.html检索的交互组(2023,1月25日)
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