基因组测序显示，冠状病毒变异导致大流行激增

加州大学戴维斯分校(University of California, Davis)兽医学院4月1日发表的一项新研究显示，对数千份SARS-CoV-2样本的基因组测序显示，COVID-19病例的激增是由新型冠状病毒变异的出现驱动的科学报告。

“随着变种的出现，你会得到新的爆发，”BART WEIMER，UC戴维斯兽医学院的人口健康教授和繁殖教授说。与基因组学的古典流行病学的合并提供了一个工具公共卫生当局可以用来预测流行病的过程，无论是谁新冠病毒流感或某种新病原体

虽然它只有15个基因，但SARS-COV-2不断突变。大多数这些变化使得差异很小，但有时病毒变得或多或少可传递。

Weimer和研究生DJ Darwin R. Bandoy最初分析了150株SARS-CoV-2菌株的基因组，以及这些菌株的流行病学和传播信息，这些菌株大多来自2020年3月1日之前的亚洲疫情。他们按阶段对疫情进行了分类爆发）起飞，指数增长和衰退。病毒的易于传播由值R或生殖数进行设定，其中R是每个受感染者引起的新感染的平均数量。

他们将所有这些信息组合成一个名为GENI的度量标准，即病原体基因组识别。将GENI得分与流行病的阶段进行比较，显示出在增加遗传变异紧接着病例就呈指数级增长，例如2月底的韩国。然而，在新加坡，变异的爆发与公共卫生当局能够迅速控制的较小的疫情有关。

20000年病毒样本

Weimer和Bandoy然后看了20,000次的SARS-COV-2病毒，从2月到2020年到英国的2月到2020年4月，并将其与案件数据进行比较。

他们发现，随着病例的数量，Geni变异评分稳步上升。当英国政府在3月下旬施加国家锁定时，新病例的数量稳定，但GENI得分继续上升。这表明，诸如禁止聚会，掩模任务和社会疏散的措施是有效地控制疾病的蔓延，面对快速的病毒演化。

它也可以帮助解释“超级传播者”事件，即在预防措施松懈的一次事件中，大量的人被感染。

威玛称，他希望公共卫生当局能够占据测量方法病毒并将其与本地传输速率R联系起来。

“通过这种方式，当一个新的爆发即将到来时，你可以获得非常预警的警告，”他说。“这是一个如何去做的方法。”

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