基因组学研究确定了护理机构中冠状病毒的传播途径

根据今天发表的一项新研究，基因组监测——利用病毒样本之间基因差异的信息——可以帮助确定SARS-CoV-2是如何在护理机构中传播的，这些机构的居民面临的风险特别大。

护理机构面临爆发COVID-19(由SARS-CoV-2引起的疾病)的高风险。老年人以及心脏病、呼吸系统疾病和2型糖尿病患者——所有这些疾病都随着年龄的增长而增加——患严重疾病甚至死亡的风险最大，这使得养老院的人口特别容易受到伤害。

护养院被认为是传染病的高危场所，原因有以下几个方面:通常是体弱多病的老年人的潜在脆弱性、有多个公共空间的共享生活环境以及住客、工作人员和访客在封闭空间内大量接触。

在今天发表的研究中el一支由剑桥大学大学的科学家领导的团队，利用基因组测序和细节流行病学信息的组合来检查Covid-19对护理家园的影响，并查看病毒在这些设置中的传播方式。

SARS-CoV-2是一种RNA病毒，因此它的遗传密码在每次复制时都容易出错。据估计，该病毒每月以2.5个核苷酸(其遗传密码的a、C、G和U)的速度变异。读取或“测序”病毒的遗传密码可以提供有关其生物学和传播的宝贵信息。它允许研究人员创建“族谱”，即系统发育树，显示样本之间的关系。

剑桥的科学家和临床医生率先使用基因组测序和流行病学信息来追踪医院和社区医疗机构中的疫情和传播网络，帮助提供信息感染控制措施打破传播的链条。自2020年3月以来，作为COVID-19基因组英国(COG-UK)联盟的一部分，他们一直将这种方法应用于SARS-CoV-2。

在这项新研究中，研究人员分析了2月2日和10月10日的6,600名患者收集的样品，并在剑桥公共卫生英格兰（PHE）实验室。在所有情况下，1,167名（18％）是337家护理家庭的护理家庭居民，其中193人是住宅家庭和144名护理家园，英国东部的大多数。家庭居民的中位数年龄为86岁。

虽然每家护理院的病例中位数为2例，但数量最多的10家护理院共有164例。有一个轻微的趋势，养老院有更多的案例住宅，中位数为3例。

与因COVID-19住院的非护理之家居民相比，住院的护理之家居民被送入重症监护病房的可能性更低(低于7%，而非21%)，死亡的可能性更高(47%对20%)。

研究人员还探讨了护理家庭和医院之间的联系。在研究期间，68％的护理家庭居民被录取为医院。57％的Covid-19录取，6％的病例涉嫌疑似医院收养的感染，33％在持久试验的七天内从医院出院。这些发现突出了医院和护理家庭环境之间的SARS-COV-2传输的充足机会。

当研究人员检查病毒序列时，他们发现，在患病人数最多的几家养老院中，所有的病例在系统发育树中紧密聚集在一起，要么基因组相同，要么只有一个碱基对差异。这与疗养院内的一次疫情蔓延一致

相比之下，对于其他几个护理室，病例分布在系统发育树上，更广泛遗传差异，表明这些病例都是独立的，与共享的传播源无关。

“老年人，特别是那些可能是脆弱的家庭中的人，特别是Covid-19特别冒险，所以我们所能做的一切来保护它们，”Addenbrooke医院的荣誉顾问博士埃斯特·Török博士说剑桥大学医院（CUH），以及剑桥大学的荣誉高级拜访。

“防止将新的感染引入养老院应该是限制疫情爆发的关键优先事项，同时采取感染控制措施，限制养老院内的传播，包括一旦确定疫情爆发。”

研究小组发现了两个与医护人员有关的集群。其中一项涉及养老院的居民，一位来自那家养老院的护理员，另一位来自一家不知名的养老院，还有护理人员和和他们住在一起的人。第二项调查涉及到几名护理之家的居民和剑桥大学医院NHS基金会信托的急诊医务人员，他们至少照顾其中一名居民。目前还不可能说出这些群集的来源以及病毒如何传播。

“使用这种‘基因组监测’技术可以帮助养老院和医院等机构更好地了解导致COVID-19传播的传播网络，”剑桥大学和哥伦比亚大学的威廉·汉密尔顿博士补充说。“这可以为感染控制措施提供信息，帮助确保这些地方对居民、患者、工作人员和访客尽可能安全。”

诊断的Covid-19案件来自护理家庭居民的绝对数量在四月比非 - 非护理家庭居民，增加了案件的比例照顾家庭并促进4月20日和5月早期的总案例数量的慢速下降速度。

“我们的数据表明，与非护理机构相比，护理机构传播对封锁措施更有抵抗力。这可能反映了养老院人口的潜在脆弱性，以及护理多个可能共享公共生活空间的居民所面临的感染控制挑战。”

该团队发现了英国以外的新病毒谱系，这可能反映了在第一次流行波和锁定期间将新的病毒介绍限制进入一般人群的新的病毒介绍。

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