研究扩大和更新的百科全书癌症细胞系

大图书馆的癌细胞lines-collections代表肿瘤类型的细胞在肿瘤癌症患者可以产生深刻的洞察的独特的遗传特征和敏感性当前和潜在的治疗方法。这些库产生的数据对开发新治疗方案的病人都是非常宝贵的。

情况就是这样癌症细胞系百科全书(CCLE),一组超过900细胞系组装从2008年开始由广泛的癌症项目与诺华生物医学研究所合作研究。ob欧宝直播nba

2012年,CCLE合作者深深入这些细胞的基因组特性和药物敏感性,编目基因表达、染色体拷贝数和有针对性的基因测序数据从所有947行和一些药物反应概要文件。这些信息已经改变了癌症科学家描述药物靶点和如何衡量毒品活动。例如,CCLE集合确定基因起到了至关重要的作用PRMT5作为一个有前途的目标在某些大脑,肺癌、胰腺癌、卵巢癌,和血液癌症;DNA校对和WRN癌细胞缺乏一个关键机制。

一个多中心研究小组已经极大地增强这种癌症研究资源整合新的细胞系和添加新的数据生成序列表达蛋白质的分子光谱。写在自然卖家,组员由核心成员威廉,利未休假Garraway协会成员,和广泛的校友马哈茂德·甘地和富兰克林Huang-report CCLE数据集的主要扩张,目前包括:

• RNA序列数据为1019细胞系
• microRNA表达谱954行
• 蛋白质阵列数据(899行)
• 全基因组组蛋白修饰(897)
• DNA甲基化(843)
• 全基因组测序(329)
• 全外显子组测序(326)

新的数据集,这是免费的https://depmap.org/portal/ccle/也融入CRISPR和RNA干扰从广泛的癌症基因依赖数据依赖图(DepMap)团队和药物敏感性数据维尔康姆基金会桑格研究所的药物敏感性在癌症基因组项目。

“我们怀疑有方法的超越两两相关性表达和蛋白质含量来确定国家的癌症,只透露自己当你看到所有的数据总体来说,“卖家解释道。“我们希望与所有可用的数据,社区将有助于吸引这些宏观层面的图片,使提高药物发现工作在工业和学术界广泛的。”

在同伴的论文在自然医学,另一个团队由卖家,化学生物学和治疗科学项目研究生浩信,和研究所的科学家和代谢组学平台高级主管克莱尔小Clish还开设了一个新的视角探索癌症生物学的丰度928的225种代谢物CCLE额度,首次系统的代谢组学调查细胞系集合的大小和多样性。

“这些数据以及统计模型,让我们看到隐藏在癌细胞遗传和表观遗传错误之间的联系和变化细胞代谢,”李说。“数据揭示代谢的依赖关系,例如,指向机会扩大抗癌药物天冬酰胺酶的使用,和利用水平的代谢物被称为犬尿氨酸作为特定的免疫治疗预后的生物标志物。”

CCLE收集提供了两个大型的骨干癌症发现的努力。DepMap项目,努力进行广泛的研究所和桑格研究所系统地识别遗传相关性(漏洞可能作为设计目标新疗法或再利用现有)在数以百计的癌症细胞系利用RNA干扰,CRISPR,药物筛选。

第二种是棱镜,使用genetically-barcoded CCLE版本的一个系统细胞系确定生物标记物,可以用来预测肿瘤的反应不同的药物化合物。

“综上所述,这些数据集构成一个巨大的社会资源对于任何使用细胞系模型在癌症研究领域,“卖家说。“很难低估数据发现和理解的力量癌症生物学机制在肿瘤类型。”

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