NIH计划揭示基因变体及其与健康和疾病的联系
国家卫生研究院支持的计划正在建立哪些基因和基因组变异在人类疾病中发挥作用，从而使其在基因组医学和研究中使用。NIH的临床基因组资源（Clingen）和Clinvar计划解决了将基因组纳入医疗保健的主要障碍，这是关于基因变异和疾病之间关系的缺乏证据。一个特别的问题人类突变已发表于10月12日，突出了通过这些计划的广泛的进展，并协同工作，以推进将人类基因组变异对人体健康的知识。
全国人类基因组研究所（NHGRI）于2013年成立了克莱登，并获得了吉伦迪塞国家儿童健康与人类发展研究所和国家癌症研究所的额外支持。Clingen的目标是将临床和研究专家汇集在一起开发标准过程，用于审查基因变异的数据及其与健康和疾病的关系。这些专家然后确定每个专家变体可能意味着疾病诊断和治疗。关于基因变体的信息储存在Clinvar，由NIH的国家生物技术信息中心提供资金和维护，是国家医学图书馆的一部分。
"Through the work of ClinGen and ClinVar, more than 730 researchers, clinicians and curators from 230 institutions have been working together to standardize the evaluation of genes and genomic variants implicated in human disease," said Eric Green, M.D., Ph.D., NHGRI director. "Ultimately, these efforts will lead to improved implementation of基因组医学和更高质量的患者护理。“
提供证据
Clingen研究人员开发了一种基因疾病有效性框架，以评估基因变异在给定疾病中的作用。十四个基因策策专家组，由临床医生和来自世界各地的研究人员组成，具有癌症，神经发育障碍和心血管疾病等疾病的专业知识正在实施这一框架。在特殊问题中，两组专家面板报告了与癫痫和骚扰有关的基因;后者是一组稀有的遗传条件，包括Noonan综合征，心肌皮肤综合征，Costello综合征和Legius综合征。癫痫患者中有八个与20个基因中的六种评价的六种基因为其对RasoPathies的贡献评价的六种基因都没有足够的证据来支持疾病中的作用。这些调查结果将帮助指导实验室确定作为诊断评估的一部分进行测试的基因。
ClinGen的研究人员也在利用指导方针由美国医学遗传学和基因组学学院开发，分子病理学协会鉴定导致疾病的基因内的那些特异性变异。在四篇已发布的论文中，Clingen的变体策策专家组小组概述了他们如何定制指导方针，以解决独特的方面基因包括听力损失、CDH1(与胃癌和乳腺癌相关)、PAH(与苯丙酮尿相关)和PTEN(与肿瘤综合征相关)。临床医生可以使用专家分类的基因变异在ClinVar中可用来决定他们在患者中遇到的变异是否导致疾病。研究人员还可以选择特定的基因变体在他们的实验室中进行研究。
“ClinGen和ClinVar是很好的例子，说明了NIH的不同部分，来自世界各地的校外研究团体和临床测试实验室已经联合起来，以改进我们共享基因组信息的方式，并利用它来提高我们对DNA序列变异和疾病之间关系的理解，”Heidi L. Rehm博士说，他是麻省理工学院布罗德研究所、哈佛大学和波士顿马萨诸塞州总医院的临床基因组学家和ClinGen首席研究员。Dr. Rehm, Jonathan S. Berg，医学博士，博士，北卡罗来纳大学教堂山分校;休斯顿贝勒医学院的医学博士、博士Sharon Plon提供了该项目的概述，并担任了25篇论文的特刊的联合编辑。
Clingen研究人员还开发了一种评估次要研究结果的临床可诉性的方法，这在这种情况下是在可能导致疾病的人中发现的基因组变体，即使它们不是诊断测试的原始焦点，也可能导致疾病。
数据共享
Clinvar数据库汇总了有关基因组变体的信息及其与人类健康的关系，并培养了分享和比较的能力基因变体从不同的研究和临床组分类。这对ClinGen的专家小组的工作至关重要，因为他们可以与实验室密切合作，共享数据来解决基因变异解释的差异，确保为患者提供更准确的结果。
Clingen的患者登记处，GenomeConnect.，使能够进行基因组检测的患者，以促进其基因组变体和临床数据到CLINVAR。截至2018年4月，来自32个国家的1,601名参与者纳入GenomeConnect。注册表还使患者能够与临床医生，研究人员和其他参与者联系。当实验室执行其测试的实验室更新有关其基因变体的信息时，也可以提醒注册参与者。迄今为止，已识别13个更新，并正在返回选择接收此信息的参与者。
一个共同的语言
为了帮助建立一种共同的语言，让基因组数据库彼此“对话”，ClinGen的开发者建立了ClinGen等位基因注册表，使基因变异的普遍识别成为可能。注册中心基础的数据模型符合由基因组学与健康全球联盟的基因组知识标准工作流程。“Clingen和Clinvar研究人员和临床医生孜孜不倦地致力于遏制基因组医学和研究中使用的知识，”艾琳M.Ramos，Ph.D.，M.P.H.和Nhgri的Clingen计划总监。“这是一个巨大的挑战，但社区正在努力自动化方法和加速我们的过程。鉴于临床基因组测试变得越来越常见，知道哪些基因变异有助于疾病的必要性，可以提供最佳的疾病。”
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