酵母表观基因组图揭示了基因调节的细节
一项新的宾夕法尼亚州立大学和康奈尔大学的研究描述了一项努力，以制作酵母中染色体结构和基因调节的最全面和高分辨率的地图，这是迈向提高对高等生物体发展，进化，进化和环境反应的重大步骤。
具体而言，研究绘制了酵母中400多种不同染色体蛋白的精确结合位点基因组，其中大多数调节基因。
酵母细胞提供了一个简单的模型系统，具有6,000个基因，其中大多数是在包括人类在内的其他生物中发现的，使其成为研究基本遗传学和复杂生物学途径的出色候选者。
该论文是“萌芽酵母基因组的高分辨率蛋白质建筑”，于3月10日在《期刊》上发表自然。
“这是一个更加复杂的主张，但是就像人类测序之前的酵母基因组的测序一样，我相信我们能够看到人类基因组的调节架构。”83，艺术与科学学院的分子生物学和遗传学教授，宾夕法尼亚州立大学的前教授，在那里他开始了这项工作。宾夕法尼亚州立大学的研究助理教授马修·罗西（Matthew Rossi）是该论文的第一作者。
该团队使用了一种称为ChIP-EXO的技术来绘制与酵母基因组相互作用的约400种不同蛋白质的结合位置，其中一些位置在一些位置，而其他位置则在数千个位置。
该团队进行了1200多个单独的芯片EXO实验，产生了数十亿个单独的数据点。分析如此多的数据需要使用宾夕法尼亚州的超级计算集群以及开发几种新型的生物信息学工具来识别模式并揭示酵母基因组中调节蛋白的组织。该分析显示出令人惊讶的唯一数量蛋白质在酵母基因组中反复使用的组合。
该研究揭示了两个不同的基因调节架构，扩大了传统的基因调节模型。所谓的本构基因（那些执行基本的“管家”功能并且几乎总是在低水平上活跃的基因 - 仅获得一组基本的调节控制，而那些被环境信号（称为诱导基因）激活的调节控制具有更专业的体系结构。
基因调节的传统模型涉及称为“转录因子”的蛋白质，该蛋白质与特定的DNA序列结合以控制附近基因的表达。但是，研究人员发现，“家政”基因包括大多数基因酵母- 下沉蛋白-DNA建筑学这将使特定的转录因子结合，这是诱导基因的标志。
宾夕法尼亚州生物化学和分子生物学助理教授Shaun Mahony表示：“数据的分辨率和完整性使我们能够识别21种蛋白质组合，并确定管家基因上没有特定的调节控制信号。”“我们为分析这些数据而开发的计算方法可以作为更复杂生物体基因调节研究进一步开发的起点。”
