新的计算模型来理解结肠癌

虽然被称为转移的继发性癌变的发展是大多数癌症死亡的主要原因，但驱动它的细胞变化却知之甚少。在一项新的研究中，发表在基因组生物学伊利诺伊州Urbana-Champaign大学的研究人员制定了一种新的建模方法，以更好地了解肿瘤如何变得侵略性。

“研究人员已经发现当肿瘤变得具有侵袭性时，几种细胞通路会发生变化。然而，很难理解它们是如何影响肿瘤的，”Steven Offer说，他是明尼苏达州梅奥诊所的分子药理学和实验治疗学助理教授。“我们想开发一个简单的系统模型如何癌症细胞形成一个激进的肿瘤。“

研究人员从他们自己的实验和公开的数据中收集数据来开发这个模型，它基于一个更简单的2018模型调查的癌症耐药调节剂。在本文中，他们专注于转录因子，这是蛋白质对照基因表达通过与DNA结合。

“我们很容易看到多少转录在癌细胞中存在因素。此模型允许我们查看他们绑定到的目标区域是否可用，“提议说。目标区域可以根据DNA组织隐藏。通过研究他们的可用性，研究人员可以预测哪些转录因素和目标是重要的。

“该模型的优点是它可以整合不同类型的实验数据，这不是一项容易的任务。它给了我们一份转录因子列表，根据它们与结肠直肠癌侵袭性的相关性进行排序，”辛哈实验室的博士生萨巴·加法里(Saba Ghaffari)说。该模型具有很强的适应性，可以分析其他类型的细胞中转录因子的结合。

研究人员还使用人类癌细胞株测试了该模型的预测。他们观察了被鉴定出来的转录因子并表明它们参与了结肠的侵袭性增加癌症细胞。

“如果没有这个模型，我们分析所有这些不同细胞系中的转录因子将是昂贵和耗时的，”奥弗尔说。“我们现在可以利用这些数据来改善癌症治疗。我们对这些因素掌握的信息越多，我们就能制造更多干扰这一过程的干扰，从而改善治疗。”

研究人员希望进一步改善模型以使其更敏感。“虽然我们二进制化数据，但这些转录因子的效果是不断变化的。我们还假设所有基因彼此独立地工作;实际上，他们在一起工作，”渴想说。

“这些技术越来越多地为我们提供关于疾病进展过程中细胞变化的补充观点。Ghaffari的工作为我们提供了一种通用的方法，将这些不同的观点组合成一个有意义的整体，给我们任何一个观点都可以做到的更多。”“这仅仅是个开始。我们将其视为未来进行更多分析、应对不同生物挑战的蓝图。”

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