研究人员模拟医院爆发疫情

“模拟疫情基因组学”是一项压力测试，测试从患者和医院环境中分离出的耐多药细菌的识别和特征。在11月18日欧洲抗生素意识日发布的结果表明，有可能在短时间内对细菌基因组进行测序和分析，这是管理和控制疫情的关键信息。

模拟爆发是基于一个虚构的请求医院研究人员在短时间内从10名患者身上发现并分离出了一种对几种抗生素具有耐药性的特别危险的细菌。目的是查明患者是否感染了同一株病毒以及传播源。为了协助研究，收集了40个环境样本(从脸盆和水槽下水道中获得)。

该过程首先从从患者身上获得的细菌样本中提取总DNA。DNA被测序，并在几个样本中与其他细菌的DNA进行比较。临床样本的结果在不到48小时内就被知道并报告给虚拟医院——这是一个创纪录的时间，因为这种类型的分析可能需要几个星期。经证实，此次疫情是由肺炎克雷伯菌引起的，该菌对多种抗生素具有耐药性，是一种难以治疗的细菌，目前正在葡萄牙和欧洲蔓延。

环境样品的分析并行进行，并在6天内完成。这种分析需要更长的时间，因为首先要从环境样本中分离出细菌。在一些环境样本中发现了感染患者的相同菌株，这是对抗疫情的关键信息。

该试点项目展示了实时调查疫情的能力，使用高分辨率技术可以非常精确地识别细菌之间的关系。

这些技术可以支持预防、检测和控制医院感染。模拟爆发使研究人员克服了在以前的研究中发现的几个障碍。目前取得的成果将支持与葡萄牙医院合作开展的未来研究。GeMO是试点研究包括来自Gulbenkian研究所Ciência-IGC的Ricardo Leite，以及来自ITQB NOVA的Raquel Sá Leão和Maria Miragaia领导的实验室的研究人员，并使用由iMM的Mário Ramirez领导的实验室开发的方法对结果进行分析。

这项研究是在预防和控制传染病和抗菌素耐药性的oneida -组学网络框架内进行的，该网络是由ITQB NOVA的微生物学家Raquel Sá-Leão和Mónica Serrano协调的研究联盟。