新的RNA分析微流体平台分离细胞类型
Broad研究所的科学家领导的研究小组,麻省理工学院,马萨诸塞州综合医院开发了一个原型装置,利用微流体细胞类型从临床样本中提取RNA序列。
“这个平台让我们分离特定的细胞在一个子集样本,所以我们可以执行RNA序列在不同的细胞类型和解决生物学问题,”第一作者解释Miguel雷耶斯研究生Broad研究所研究员和麻省理工学院的博士生。“我们凝聚这个复杂的管道成一个单一的,更容易获得设备,有可能扩大研究,要求大型cohorts-an方面,许多分析工具有纠结。”
这项研究发表在科学的进步雷耶斯和高级领导的作者保罗·Blainey核心成员广泛研究所和麻省理工学院生物工程系副教授,Nir Hacohen,协会成员广泛,中心主任癌症免疫疗法在马萨诸塞州综合医院和哈佛医学院的副教授。
团队开发他们的平台,帮助研究人员分析细胞在更大的分辨率。血液和其他类型的临床样本,主要由所有细胞RNA测序从单个样品分析之外的标准分析。然而,使用这种方法在不同细胞的混合物提供了有限的信息在特定的细胞类型。
这个新的平台可以填补散装RNA序列之间的差距血液样本和高分辨率,单细胞核糖核酸测序过程仍难以扩大大量的样本。
通过整合cell-sorting过程变成一个单一设备,平台将需要获取、计划,并监控合成复杂的机器人,或将多个工具集成到工作流,据研究人员。团队将他们的系统基准测试与标准的方法,通常是手动实现,净化细胞子集和RNA-seq图书馆建设,发现它执行同样或更好的更多的资源。
试验分析,研究人员还排序,排序五个患者免疫细胞系统性红斑狼疮和五个健康控制个人布莱根妇女医院。他们使用平台分离CD4 + T细胞,CD8 + T细胞,B细胞CD14 +细胞,确定一个典型的红斑狼疮主要表达在B细胞基因表达签名。
“有数百万的血液样本只异形全血的形式,没有任何细胞分离和很难问不同的问题细胞类型只有这样的数据,“Hacohen说。“领域需要一个具有成本效益的方式将细胞的遗传损伤样本分成子集,可以分析自己。”
单细胞分析的团队设想一个管道可以使用第一个在首批样品作为一个公正的发现工具。“一个团队可以使用平台这样孤立类型他们想研究一个可伸缩的水平,可能在单细胞的大军团还没有可行的,“Blainey说。“我们已经表明,这种类型的小型化和流程集成工作是可能的。”
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