科学家开发DNA序列分析软件进行免疫研究

来自IBCH RAS实验室的自适应免疫基因组学团队开发了VDJVIZ - 一种多功能浏览器，设计用于使用现代DNA序列分析产生的大量数据。这种突破性的发展可以有助于加速自由植物新领域的数据分析过程，这将产生与适应性免疫系统形成和正常运作中断相关的严重疾病的治疗和疗法。

该计划可用这里。这项研究工作的结果出版了BMC基因组学。

“vdjviz从成熟b的某些基因组片段中获得了它的名字受体基因和T细胞形成为免疫系统IBCh RAS的研究员Ivan Zvyagin说:“这是一种抗原识别B细胞受体的可溶形式，包括v -变量，D -多样性和J -连接。“这些基因成熟的复杂过程被称为V (D) J重组，是适应性免疫系统形成的基础。这是身体的防御系统，理论上能够抵抗任何外来病原体，并防止肿瘤的发展。”

在VDJ重组期间，V，D和J基团使用来自每个片段的一个片段连接在一起，以形成用于编码受体的抗原识别部分的独特序列。该过程在每个B或T细胞的成熟期间多次发生在体内，导致形成大量的B且T细胞，每个B且T细胞具有独特的抗原识别受体。这些受体结构的整个可能性被称为B型或T-细胞曲目。

分子生物学的最新进展使得可以确定这些可高变受体和免疫球蛋白的编码序列。REP-SEC是这种复杂技术的主要示例。使用各种工具处理数据后，研究人员利用生物信息学恢复自适应免疫系统的细胞曲线。显然，可能的序列和组合是如此多样化，在不使用特定应用的情况下分析数据是困难和耗时的。因此，VDJVIZ还有助于科学家更快和高效地执行他们的任务。

根据研究人员的首选项，程序可以安装在任何合适的桌面计算机上。还有一个在线版本。该计划的主要优势包括对处理Rep-SEQ数据的六种最流行的工具（MITCR，MIGEC，MIXCR，IGBlast，IMGT HighVQuest，Immunoseq）的信息支持，提供用户友好的GUI，提供了提供特征的视觉表示的能力在高变受体序列中，使用样本的能力基于一系列参数和简单的数据导出过程进行多种比较。自由学术项目，该计划不需要任何特殊的编程技能，任何生物学家都可以访问它。

“我们的计划优化了研究人员执行的工作，并有助于开发和测试新假设对自适应免疫系统的形成和运作，”Ivan说。“最重要的是，免疫学和免疫原性的Rep-SEQ数据分析不仅是理论研究的重要性，而且对于实际问题也很重要。该计划的开发商认为这一领域的新知识对于许多严重的新疗法的开发至关重要自身免疫和肿瘤疾病以及过敏症。“

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