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结肠镜检查是将CCD摄像机或光纤摄像机置于通过肛门的柔性管上，对大肠和小肠远端进行内窥镜检查。它可以提供视觉诊断(如溃疡、息肉)，并为活检或移除可疑病变提供机会。

结肠镜检查可以切除小至一毫米或更小的息肉。一旦息肉被切除，就可以在显微镜的帮助下进行研究，以确定它们是否是癌前病变。

结肠镜检查与乙状结肠镜检查相似，但并不相同，其区别在于可以检查结肠的哪个部分。结肠镜检查可以检查整个结肠(长度为4到5英尺)。乙状结肠镜可以检查结肠的远端部分(最后两英尺)，这可能就足够了，因为结肠镜检查(癌症生存)的好处仅限于结肠的远端部分。

美国癌症协会“癌症早期检测指南”建议，从50岁开始，男性和女性都应遵循以下检查计划中的一项进行筛查，以发现结肠息肉和癌症:柔性乙状结肠镜每5年或2年。每10年或3年进行一次结肠镜检查。双对比钡灌肠每5年或4年。CT结肠镜(虚拟结肠镜)每5年检查一次。

乙状结肠镜通常用作全结肠镜检查的筛查程序，通常与粪便潜血试验(FOBT)一起进行。在这些筛查的患者中，约有5%的人接受结肠镜检查。

虚拟结肠镜检查使用计算机断层扫描(CT)或核磁共振(MR)扫描重建的2D和3D图像，作为一种完全非侵入性的医学检查也是可能的，尽管它不是标准的，而且其诊断能力仍在研究中。此外，虚拟结肠镜不允许治疗操作，如息肉/肿瘤切除或活检，也不能显示小于5毫米的病变。如果使用CT结肠镜检查发现生长或息肉，仍然需要进行标准结肠镜检查。

对于溃疡性结肠炎或克罗恩病的活动性爆发患者，不建议进行结肠镜检查，以避免结肠穿孔。此外，外科医生最近一直在使用术语“邮袋镜”来指回肠肛门袋的结肠镜检查。