科学家解释SARS-CoV-2的基因组测序

COVID-19ο变体已经报道在美国将近一半的州自12月1日在加州首次检测到。第二个已知的买卖被确认在明尼苏达州。

“人们检测omicron-states、县、这招并不一定意味着他们第一个,“波比普里特博士说,梅奥诊所临床微生物学部门的主任。“这只是他们的第一检测。在明尼苏达州,我们的第一个州发现买卖的存在变体。因为我们大量的序列COVID-19阳性标本。我们有一个非常好的排序系统。”

明尼苏达州梅奥诊所实验室一直在与国家卫生官员和其他学术医学中心寻找新的分析病毒的变异遗传密码。

帮助更好地理解基因组测序和它是如何工作的,普里特博士回答问答。

跟踪一个变体或测序基因组是什么意思?

当我们谈论确定变异或跟踪病毒的变异,通常指分析病毒基因编码是否和变体的一个变体。

你能解释分子测序过程?

首先,你必须开始积极的样本。你有一个患者样本包含SARS-CoV-2导致COVID-19(病毒),然后你把积极的样本,你的主题叫做萃取提取出病毒的遗传密码,和净化,以及所有人类DNA和RNA的。

然后你主题PCR(聚合酶链反应)。和PCR检测的情况下,我们使用在梅奥诊所,是测试放大整个病毒的小块或几乎整个病毒的基因编码产生数百万册。那么所有那些小块,放大需要测序。

接下来,遗传密码,由信信。相比,代码是一个公开可用的序列库,这样您就可以看它是否与一个已知的变异或如果它可能是全新的。

这是新一代的测序过程生产数以百万计的测序DNA或RNA的序列读取以大规模并行的方式。也被称为深度测序,下一代测序使得整个基因组的测序的微生物。

基因测序是如何用于COVID-19跟踪这些新菌株的监视?

你用你从测序得到的信息在许多不同的方式来看看变异在社区传播,如果有新的变异,也许那些甚至没有名字。是你想序列的原因之一是确定新变种,但通常这是跟踪已知变异的传播在社区。

测序机器的时间和能力是什么?

正如上面提到的,基因组测序是一个复杂的过程,涉及到多个步骤。

在梅奥诊所,我们使用两个不同的测试序列。我们在一个临床实验室,主要用于感染预防和控制的目的。结果并不是用于指导治疗。我们使用的其他测试是在一个研究实验室,一个更大的容量。我们可以立刻序列700多个样本。这一过程需要更长的时间,因为我们有多个团队。

为什么不积极的测试得到测序?

知道变异,目前,不会影响治疗,我们想知道是什么在社区传播跟踪病毒是如何传播的。通过监测变异和分享信息到数据库,普及测序可以帮助公共卫生官员更好地理解暴发和做决定。

举例来说,如果我是COVID-19测试阳性,我远离别人,直到一段时间过去,所以我知道我没有传染性。我不需要知道的变体。但如果我是和一群人,我们都有感染,我们认为在某个政党或事件,就像我们看到的动漫大会在纽约,那么它可能有助于我们可以知道变体跟踪传播从公共卫生的角度了解变体可能通过多人蔓延。

现在人们应该记住新的COVID-19变体?

我们需要记住,这是一个病毒,并倾向于继续变异。一些突变可能是临床上重要的,其他的可能不是。可能出现一个新的变种,然后它可能消失,它可能不会有任何意义。例如,一些variants-beta早些时候,gamma-we不再看到这些,但是三角洲变体,另一方面,传播非常迅速。记住,当我们有了一个新的变种,它并不总是立即关注。我们需要观察并跟踪其进度。

最重要的阻止这种病毒和防止新的突变是让每个人都接种疫苗,继续使用我们所有的预防措施(戴着面具,社会距离)只因为病毒变异的时候里面的人。更少的人被感染,降低突变会出现的机会,将出现一个新变型。

每个人都应该接种疫苗并继续社会距离,穿着他们的面具。即使它是艰难的大流行,我们都累了,我们需要保持警惕。