快速基因组测序和筛查有助于医院管理COVID-19疫情
剑桥大学的研究人员展示了快速对病毒样本进行基因组测序和加强对医院工作人员的检测如何有助于识别与医疗保健相关的COVID-19感染群集。
自英国大流行的开始以来，当病毒在人们之间传播时，剑桥大学和剑桥大学医院的科学家和临床医生团队一直在阅读病毒的遗传密码，看看是否病例在这内医院是相关的。这使医院能够充分调查这些暴发并加以改善感染减少进一步感染风险的控制措施。
此外，引入了一项包括对工作人员重复检测的筛查方案，帮助医院调查了COVID-19感染聚集性，告知感染控制措施，并打破了传播链。这有助于减少医院获得性感染的数量，确保患者和工作人员的最大安全，因为NHS的目标是重新启动其他服务。
研究人员在两份同行评审期刊上发表了这些调查的细节，柳叶叶植物传染病和eLife。
基因组的监测
剑桥的研究人员先前已经开创了使用基因组测序作为管理医院感染的方式，例如耐甲氧西林葡萄球菌（MRSA），万古霉素抗性肠球菌（VRE）和梭菌差异。它们还使用实时测序来快速识别流行病中的传输链，例如塞拉利昂的埃博拉流行病。
研究人员现在将注意力转向Covid-19。
SARS-COV-2，导致Covid-19的冠状病毒是RNA病毒，因此每次复制时，它的遗传密码易于出现错误。目前估计病毒每月以2.5个核苷酸（遗传密码的A，C，G和T）的速率突变。阅读或“测序” - 病毒的遗传密码可以提供有关其生物学和传输的有价值的信息。
作为英国COVID-19基因组协会(COVID-19 Genomics UK, COG-UK)的成员，研究人员一直在对入院的COVID-19感染患者的所有阳性样本进行测序，并对从英格兰东部地区医院的患者中收集的样本进行筛选。
在3月中旬至4月下旬的五周内，该团队测序了1000多个病毒基因组。他们使用系统发育树 - 类似于“家谱” - 查看病毒样本的簇如何相关，允许它们帮助精确定位疾病蔓延的特定病房或位置。
EstéeTörök博士从剑桥大学医学院表示：“基因组测序为我们提供了一种快速可靠的方式来识别医院内密切相关的Covid-19感染病例。这种方法可以提供重要信息来帮助美国探讨了可能的传播路线，并改善了限制感染传播的感染控制措施。“
研究人员分析了299名COVID-19患者，发现了35组基因相同的病毒，涉及159名患者。通过检查患者的医疗记录和病房位置数据，研究人员发现58%的病例之间存在强烈联系，20%的病例之间存在似是而非的联系。将流行病学和基因组数据反馈给医院感染控制和管理小组，从而实施了一系列防止进一步传播的措施，包括隔离受感染患者、修订病房清洁程序、加强个人防护装备的使用和改变工作人员的社交距离行为。
例如，在三周期内，六个透析患者在医院的不同地点录取到医院的不同地点。测序显示，其病毒基因组是相同的。流行病学研究表明，在本周同一日期的同一天透析患者，并确定共用患者运输和邻近的透析椅作为传播的危险因素。这使得感染控制团队能够增强感染控制措施并阻止额外的病例。
伊恩·耶和华教授，来自剑桥大学病理科说：“我们能够将基因组数据与患者结合起来病历提供实时信息，以帮助医院每周审查其感染控制。它还强调了可能的传输网络，记录良好，如护理房屋，门诊单位和救护车服务。“
COVID-19基因组英国联盟得到了英国研究与创新协会(UKRI)下属的医学研究理事会、国家卫生研究所和维康桑格研究所的资助。ob欧宝直播nba
筛选无症状和症状医疗工作者
除了基因组监测外，CUH还实施了筛查计划，其中所有员工 - 筛查症状和无症状。
5月，剑桥研究人员报告说，在4月份的额外职责人的职工上有超过1,000名员工，3％对冠状病毒进行了阳性。
现在，在Elife发表的后续研究中，他们发现，与Covid-19的患者入学的下降，无症状和症状医疗工作者的比例在持续下一个月内迅速下降。
4月25日至5月24日，该小组在科大进行了3 388次检测。其中对无症状医护人员进行了2611次检测。使用一种叫做PCR的技术对样本进行分析，以检测拭子上病毒的遗传信息。
研究人员发现，与前一个月相比，在无症状医疗保健工人上进行的2,611次测试中的2611次试验中只有21（0.8％）。
在对有症状的医护人员或与可能感染的人生活在一起的人进行的771项检测中，只有13项(1.7%)呈阳性，而前一个月为13%。
来自剑桥的治疗性免疫学和传染病（CitiID）的迈克周内博士说：“无论它们是否显示出症状，筛选医院的所有工作人员都帮助我们看到了医院收购的感染数量剧烈落下。这意味着我们能够更快地发现新的爆发，限制他们传播的机会。
但是，“重要的是不满。不可避免地发生了新的爆发 - 这是不幸的，这是大流行的本质。但我们希望我们的方法能够帮助安抚员工和患者，该医院仍然是安全的给予和接受护理。“
在他们的报告中，团队举例说明了来自同一普通医疗病房的四名症状工作人员的榜样。作为回应，团队能够在病房上进行目标筛查，让他们识别感染簇，并防止进一步的传播。
CITIID的Steve Baker教授说:“医院特定区域的聚集性感染的存在显示了医护人员和患者在医院环境中被感染的可能性。”“如果不加以控制，这些聚集可能导致自我持续的疫情。在CUH的频繁检测使我们能够迅速发现这些集群，并阻止任何进一步的传播。”
用户评论