一些遗传测序未能分析DNA的大片段

在UT Southwestern Medical Center的专家说，接受膨胀遗传测序的儿童可能无法获得普遍的DNA分析他们的父母的期望。

对美国三个主要实验室的临床试验的回顾显示，整个外显子组测序通常不能充分分析大片段的DNA，这是一个潜在的关键缺陷，可以防止医生准确诊断潜在的遗传疾病，从癫痫到癌症。

UT Southwestern的Reanalysis展示了每个实验室平均审查不到四分之三基因-34,66和69％的覆盖范围 - 在他们检测特定疾病的能力方面具有惊人的差距。

研究人员说，他们之所以进行这项研究，是因为他们认为临床基因测序中普遍存在检测质量的巨大差异，但没有得到很好的记录，也没有与临床医生分享。

“许多要求进行这些检查的医生并不知道发生了这种情况，”医学博士、博士、德克萨斯大学西南分校病理学副教授贾森·帕克(Jason Park)说。“他们的很多病人都是年轻的孩子他们想要得到最完整的诊断测试。但他们没有意识到，整个外显子组测序可能会漏掉一些更有针对性的基因测试会发现的东西。”

全外显子组测序是一种分析蛋白质产生基因的技术，在医疗保健中越来越多地用于识别导致疾病的基因突变——主要是儿童，但也包括患有罕见或未确诊疾病的成人。然而，Park说，完全分析一个外显子组中大约18000个基因的过程本质上是困难的，而且容易被忽视。大约一半的测试不能精确定位突变。

新的研究发表在临床化学深入了解为什么有些分析可能会退出负面。

研究人员重新分析了这三个国家临床实验室在2012年至2016-12年间进行的36例患者的外显子组测试，发现了截然不同的结果和完全分析的基因不一致。一个基因不能被认为是完全分析了，除非实验室达到了业界公认的对所有编码蛋白质的DNA进行充分分析的门槛，即每次测试对该片段测序至少20次。

值得注意的是，36个样本中只有不到1.5%的基因被完全分析过。一项实验室测试的回顾显示，28%的基因从未得到充分检查，只有5%的基因一直被覆盖。另一个实验室一直覆盖了27%的基因。

帕克说:“当你开始考虑使用这些测试来排除某种疾病时，事情就真的开始瓦解了。”“如果如此多的基因没有被彻底分析，一个阴性的外显子组结果是没有意义的。”

例如，检测来自36个测试中任一项的癫痫症的机会根据分析的基因的广泛而变化。一名实验室进行了几种患者测试，该试验完全检查了3个以上与癫痫相关的基因，但相同的实验室有三种其他患者样品，其中少于40％被完全分析。

来自另一个实验室的三次测试率超过20％。

“当我们看到这些数据时，我们经常询问实验室关于特定基因的覆盖率，”Garrett Gotway医学博士说，他是德克萨斯大学西南分校的临床遗传学家，也是这项研究的通讯作者。“我不认为你能期望每次都能完全覆盖18000个基因，但期望90%或更多是公平的。”

在先前的研究中，调查结果显示出在全基因组测序中显示出类似的间隙和差异，这是一种检查所有类型基因的技术，无论它们是生产蛋白质。

Gotway表示，他希望这些发现会提出更多的医生询问涵盖哪种基因的实验室并推动测试质量的改善一致性。他还鼓励医生 - 甚至在订购测试之前 - 考虑是否全外显子组测序是患者的最佳方法。

“临床展开在复杂的病例中有用，但如果孩子癫痫患者并且没有其他复杂的临床问题，你可能不需要一个，”Goverway说。“有一个不错的机会Exome.检测结果将是阴性的，这对父母仍然想知道他们孩子这种疾病的基因基础。”

在这些情况下，Gotway建议订购较小的遗传测试它完全分析了一组与这种疾病相关的基因。他说，它们更便宜，而且很可能帮助医生找到答案。

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