新一代测序揭示了轮状病毒在印尼

导致儿童急性腹泻轮状病毒,感染动物和人类世界范围内。日本一个研究小组发现,急性胃肠炎感染儿童在印尼在2015年和2016年之间是由主导equine-like G3株轮状病毒,基因不同于人类的病毒株。这一发现可以解释病毒如何从邻国前往印尼。

Ikuo Shoji教授领导的研究团队是项目助理教授Takako他(从神户大学医学院毕业)和片山彦博士教授(国家传染病研究所、日本)。他们的调查结果发表在2018年3月27日的在线版感染、遗传与进化。

轮状病毒(RVA)由11分段基因组。这个分段自然意味着基因重组经常发生,和病毒可以进化成新的版本。2006年,一个轮状病毒疫苗开发和使用在许多国家,但最近不同的国家有不同程度的报道效果的疫苗。这可能部分是由于不同的主导的病毒株。

该研究小组旨在揭示在印度尼西亚的轮状病毒毒株的遗传特征。他们进行了轮状病毒基因组的分子分析利用印尼儿童感染的粪便样本急性胃肠炎。在一年的时间从2015年到2016年,该集团收集粪便样本134名5岁以下儿童在泗水住院。使用免疫层析法,他们检查了孩子们对轮状病毒,发现31.3%的人RVA抗原阳性。然后他们发现RVAs是罕见的菌株G3P G3P[6]和[8]。进一步分析的11株病毒使用新一代测序,他们认定这是equine-like G3 DS-1-like遗传骨干的轮状病毒。在澳大利亚这一毒株也被报道,匈牙利,西班牙和巴西。

“我们的团队现在计划分析时间变化在印尼主要的轮状病毒毒株和澄清如何传播从邻国印度尼西亚。在日本我们也会调查他们对感染的影响”Shoji教授的评论。“我们将检查接种病人收集的样本,分析菌株的遗传信息,抵制疫苗免疫,并建立一个监测系统以防止这些菌株进入日本。”

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