建立了一个用于细胞追踪的视频数据库,对对抗癌症很有用

建立了一个用于细胞追踪的视频数据库,对对抗癌症很有用
一种锥虫胚胎发育的视频分析例子。左栏是用光学显微镜获得的原始图像。右列显示分析结果:每个颜色圈标识一个单元格。图片来源:Cell Tracking Challenge

马德里卡洛斯三世大学(UC3M)、格雷戈里奥大学医院Marañón (HGUGM)和纳瓦拉大学与其他国际机构一起开发了一个用于细胞追踪的视频数据库,可用于确定与癌症等疾病有关的变化。

这项研究的结果已发表在自然方法他在一篇文章中收集了《细胞追踪挑战》最近三版的数据。这项比赛邀请了来自世界各地的科学家,包括关于细胞迁移的视频,已经有来自18个国家的21个研究小组注册参加。总共分析了52个92 GB的视频。有些是合成的,也就是说,它们是通过模拟细胞的软件创造出来的,而另一些则是真实的,主要是通过二维和三维显微镜获得的。该研究的作者之一Arrate Muñoz Barrutia说:“除了视频,这个新的数据库还提供了解释视频的代码,也就是说,分割算法、细胞跟踪和以客观方式评估这些算法的工具。”

在一个人的一生中,特别是在胚胎发育期间,大量的细胞增殖,如果有必要,它们还会分化。这些细胞必须迁移到人体的不同部位来执行它们的功能。这发生在正常过程中,也发生在其他异常过程中,如癌症,当细胞转移和定植其他组织。

“研究细胞的运动和增殖,我们可以知道生物的有机体是如何工作的,在正常过程中,以及与疾病(如癌症)有关的变化,”该研究的主要作者卡洛斯·奥尔蒂斯·德Solórzano说,他是纳瓦拉大学(universsidad de Navarra)模型成像实验室平台Preclínicos y Herramientas de Análisis del应用医学研究中心主任。ob欧宝直播nba他补充说:“细胞追踪也是一个非常有用的工具,可以找到它的谱系,也就是说,一个器官的细胞来自哪里,这样我们就可以研究疾病的初始过程。”

Arrate Muñoz Barrutia解释说:“为了了解细胞迁移在癌症或其他疾病中的变化,或转移是如何发生的,通常有必要以个别的方式识别细胞,并随着时间的推移跟踪它们。”这些信息对在研究中使用细胞追踪方法的研究人员很有用。细胞跟踪挑战中使用的所有材料都可以作为指导,帮助在不同情况下使用哪种算法解决方案的决策,从而获得更精确的信息,有助于推进生物医学领域的知识。卡洛斯·奥尔蒂斯·德Solórzano指出:“例如,我们已经证实,最有效的算法是那些使用学习技术和那些在整个过程中考虑到细胞寿命的跟踪算法。”

根据研究人员的说法,这种方法有无限的应用前景。例如,它可以应用于研究研究不同器官的形成机制,以及对不同疾病(如癌症)治疗的反应。“肿瘤细胞的特征之一是更强的活力和细胞增殖。根据对个体的描述,这两个方面可以以非常精确的方式量化以及随着时间的推移的追踪,”Muñoz-Barrutia说。


进一步探索

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更多信息:Vladimír Ulman等。细胞跟踪算法的客观比较,自然方法(2017)。DOI: 10.1038 / nmeth.4473
期刊信息: 自然方法

引用:一个用于细胞跟踪的视频数据库创建,对对抗癌症有用(2018年,1月23日),检索自2022年7月17日//www.puressens.com/news/2018-01-video-database-cellular-tracking-cancer.html
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