“FishTaco”谁在做什么在你的微生物种类

越来越多的证据表明,数以万亿计的微生物生活在和我们的身体内部影响我们的健康。总的来说,这些居民形成微生物的微生物。

早期的研究发现,例如,在变化物种在我们肠道的细菌组成社区导致失衡的一系列代谢过程微生物组可以执行。这样的失衡与几个条件,包括肥胖、2型糖尿病、癌症和自身免疫性疾病。

这些观察表明,有可能预防或治疗这些疾病通过改变微生物的物种组成通过饮食,药物,或其他技术和恢复功能的能力。

为此,有必要确定哪些细菌是负责哪些功能失衡。这可不是容易事,成千上万的细菌物种人类微生物组填充。

在一篇新论文中出现在杂志上细胞宿主和微生物,华盛顿大学的研究人员报告说,他们开发出了一种新的计算方法,揭示了多少不同细菌种类有助于抵抗微生物功能失衡。

“这种方法使我们能够确定微生物物种在我们的微生物组负责每个功能失衡,这样他们就可以有针对性的治疗,”伊伦斯坦说,这篇文章的资深作者和基因组科学副教授华盛顿大学医学院的。伯伦斯坦博士的实验室研究人类微生物组和发展建模和分析微生物的新计算方法。与阿伯伦斯坦合著论文庄园,前在他的实验室做博士后研究以这种方法。

的方法,称为FishTaco,简称“功能变化分类贡献者”,整合两种最常见的方法科学家使用分析微生物和身份对疾病。这些分类方法和功能的方法。

简单,看哪些物种分类方法,或微生物的微生物类群。功能的方法,相比之下,看着所有的基因存在于微生物。

因为蛋白质的基因代码,确定微生物的活动,总微生物的基因内容揭示了什么功能微生物种群能够执行。换句话说,分类方法问道:“是谁?”,whereas the functional approach queries, "What are they doing?"

然而,问题是,这两种方法没有一个告诉整个故事,因为很多疾病都与变化相关的分类和功能微生物组的内容。更重要的是,目前还不清楚如何结合这两种方法和如何确定确切的分类和功能性疾病协会之间的关系。

“FishTaco集成分类和功能的方法,将微生物物种和基因成分的变化,确定驱动功能失衡的类群中观察到不同的疾病,”伯伦斯坦说。

在他们的研究中,伯伦斯坦和庄园还利用FishTaco分析个体的微生物与2型糖尿病和炎症性肠病和识别分类单元功能失衡导致这些疾病。他们发现功能的变化通常是由不同组合的物种。令人惊讶的是,他们还发现,非常相似的功能失衡中观察到不同的疾病可能事实上是由完全不同的物种。

“我们的研究结果表明,微生物分类和功能动态之间的联系是非常复杂和特定疾病,”伯伦斯坦说。“识别物种驱动这种失衡在每个疾病是一个重要的一步有针对性的干预措施旨在操纵功能微生物的能力,促进健康。”

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