研究人员Excel预测癌症药物敏感性

来自赫尔辛基信息技术研究所的研究人员HIIT和分子医学研究所芬兰FIMM已经开发了一种胜利的解决方案，用于预测乳腺癌细胞对一组癌症药物的反应。预测基于癌细胞的基因组谱。利用细胞的基因组谱在选择最佳处理时被认为是个性化医学的圣杯。

该队参加了第七届美国梦大赛国家癌症研究所(NCI)和逆向工程评估与方法对话(DREAM)。他们的挑战将高要求的科学问题汇集到世界各地的顶级研究团队。最好的解决方案将在顶级期刊上发表。

该团队由阿尔托大学和赫尔辛基大学联合研究中心HIIT主任塞缪尔·卡斯基教授领导，将于11月13日在旧金山举行的DREAM 2012会议上展示其成功的解决方案。该团队的解决方案在预测挑战中超过了其他47个团队。

计算方法整合癌细胞的基因组轮廓的多个观点

众所周知，药物疗法可以有效杀死一个病人体内的癌细胞，但却不能杀死另一个患同一类型癌症的病人。然而，在药物反应差异背后的分子决定因素还没有被充分了解。

Kaski解释说:“计算个人化药物的一个目标是开发模型，根据细胞的基因组图谱预测细胞的药物敏感性。”

nci梦挑战的组织者提供了数据乳腺癌细胞用于训练计算灵敏度预测模型。他们对参与者未知的药物的测试测量评估了参与者的模型。

与大多数当前的生物医学实验一样，癌细胞上收集了几种测量的测量：基因，表观遗传学和遗传型材。关键问题是最佳地结合不同的测量产量的互补“视图”。

卡斯基说:“我们一直在开发新的机器学习方法来解决这些在很多领域都存在的‘多视角’问题，这给了我们一个良好的开端。”

HIIT和FIMM在比赛之前就已经在个性化医疗方面进行了合作。

“这个挑战是我们集思广益的绝佳机会。不同背景的人对这个问题提出了不同的观点，并引入了他们自己的专业知识和经验来改进综合解决方案，”HIIT研究员Elisabeth Georgii博士说。

尽管这一结果离临床应用还很遥远，但计算个人化医学已经向前迈出了令人鼓舞的、获奖的一步。

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