病人伙伴关系是如何推动癌症研究的

2018年秋天，癌症研究人员Corrie Painter开始在一项关于血管肉瘤的罕见致命癌症的新研究中提出一些有趣的早期结果。她和她的科学家同事们希望，通过在科学杂志上发表他们的发现之前公开分享他们的发现，他们可以帮助其他研究人员更快地做出可能帮助患者的发现。

他们是对的。他们的结果正是西雅图肿瘤学家迈克尔·瓦格纳和他的同事一直在寻找的。Wagner是华盛顿大学医学院的副教授，他帮助领导了一项临床试验，旨在评估新的治疗方法罕见的癌症他一直在试图建立一个将血管肉瘤患者纳入试验的案例。佩因特的研究结果支持了他的团队这样做的理由，他们很快获得批准，将罕见患者纳入研究癌症在审判中。

Wagner说:“要找到类似罕见癌症的数据集非常困难。”“尽早获得数据对于支持这一群体加入试验至关重要。”

加速生物医学的进步，有一天可能会导致新的治疗方法，这是的关键目标之一算我一个这是佩因特帮助建立的一个研究项目。把我算在内(CMI)是麻省理工学院布罗德研究所和哈佛大学、达纳-法伯癌症研究所和爱默生集团的合作项目。它使癌症患者在美国和加拿大分享他们的医疗信息， DNA样本，以及癌症研究人员的声音。CMI团队通过他们的网站、社交媒体和游说团体并利用最先进的遗传分析技术来研究血管肉瘤和其他类型的癌症，在患者倡导和基因组学研究之间形成了独特的交叉。

项目科学家分析患者的DNA和医疗记录，生成匿名数据集，并迅速将其发布给科学界。佩因特说:“这个项目代表了一场让数据流进实验室的变革运动。”佩因特此前曾担任Count Me In项目的副主任，现在是该项目的战略顾问。

自2015年该项目启动以来，已有数千名癌症患者加入其中，包括那些因为住得离主要医疗中心较远而无法参与研究的患者。来自10多个国家的60多个研究小组和实验室已经联系了该团队，他们希望更多地了解这些数据集，并将其纳入自己的研究。Count Me In的数据已经导致了50多篇关于各种癌症类型的科学出版物。例如，这些研究揭示了让肿瘤抵抗某些药物的突变，以及在扩散的肿瘤中更容易发现的突变。还有一些研究揭示了尚未得到充分研究的癌症，比如2018年关于血管肉瘤的研究，指出了改善一些血管肉瘤患者治疗的新方法。通过收集和生成各种数据类型，Count Me In为研究人员提供了他们可能无法生成或访问的数据集。

“加入‘算我一份’项目的患者希望他们的贡献有一天能帮助到其他患者，我们正在开始兑现这一承诺，”该项目负责人尼克希尔·瓦格尔(Nikhil Wagle)说。他是博德医院的协会成员，也是达纳-法伯医院的肿瘤学家，同时也是哈佛医学院的副教授。

大规模洞察

在开始CMI的7年后，Wagle仍然清楚地记得他的一个病人，他帮助激发了这个项目的想法。他曾治疗过一名38岁的男子转移性黑色素瘤起初病情有所好转，但后来复发，不幸去世了。在病人生命的最后几天，他慷慨地同意捐赠一个肿瘤样本，希望科学家可以研究它，了解为什么他的癌症对治疗产生了抗药性。在分析样本后，Wagle和他的同事们注意到肿瘤中出现了一个新的突变，可以用不同的治疗方法来避免其他像他一样的患者复发。

瓦格尔说:“我们想，如果我们能从一个病人身上学到这么多东西，如果我们能大规模地这样做，让更多的病人更容易地参与研究，会怎么样呢?”

他们很快发起了一项后来被命名为“把我算在内”的计划，旨在建立一个大规模的公开的癌症临床、基因组、分子和患者报告数据数据库。该团队从转移性乳腺癌(MBC)项目开始，该项目已经与6000多名患者合作。2017年，研究人员发布了MBC项目的第一个结果，并定期发布共享的新数据集随着越来越多的患者加入该项目，更多的分析被完成。他们将结果发布到CBioPortal，一个癌症基因组数据存储库，以及项目网站．他们还出席科学和医学会议，希望与研究人员联系，他们可以在自己的工作中利用这些数据。

Wagle说，“我们的目标是缩短发现的时间”，通过做鉴别参与者、生成测序数据和收集临床记录的跑腿工作。“不同于从零开始构建数据集，团队可以从现有的知识体系开始，并使用它来构建他们的研究项目，这有望在获得最终答案时节省时间和资源。”

德克萨斯州的一组科学家最近利用MBC的数据来了解一种常见的乳腺癌是如何产生耐药性的。大约20%的雌激素受体(ER)阳性乳腺癌患者在接受广泛使用的内分泌疗法后会复发转移性疾病。德克萨斯大学西南医学中心的Carlos Arteaga和他的团队利用MBC项目的数据显示，er阳性肿瘤中有太多PRR11基因的拷贝，更有可能对内分泌治疗产生耐药性。

Arteaga实验室研究的第一作者、现任韩国汉阳大学(hananyang University)助理教授的Kyung-Min Lee说:“对我们来说，利用患者提供的样本建立自己的基因组数据集是极其困难的，尤其是对于这些转移性肿瘤。”“‘Count Me In’的数据集帮助我们确定了一种内分泌治疗耐药性的新机制，这为提高er阳性乳腺癌患者的生存率提供了策略。”

从常见到罕见

在MBC项目成功启动后，“Count Me In”团队想知道，同样的模式是否可以帮助在不太常见的癌症中取得进展。2017年，他们开始研究血管肉瘤，这是一种极其罕见的致命软组织癌症，在美国每年只有300例新病例被诊断出来。通过血管肉瘤项目，他们能够联系到300多名患有这种罕见癌症的患者或他们的家庭成员，并从其中一些人那里获得医疗记录和肿瘤样本进行分析。

“正是这个数据集的存在，让它变得独一无二，”佩因特说。她是一名科学家，在2010年被诊断出血管肉瘤后，她成为了一名患者倡导者。“这是促进罕见癌症研究的行动呼吁。任何一家机构都不可能有足够的资金、足够的兴趣或足够的患者来对一种罕见的癌症进行彻底的研究，所以患者合作研究必将取得巨大进展。”

在分析了患者肿瘤中的DNA后，研究人员了解到，患有头部、颈部、面部和头皮血管肉瘤的参与者比其他亚型的参与者有更多的DNA变化。其他研究人员的最新发现表明，这种类型的肿瘤可能对一种称为免疫检查点封锁的治疗反应良好。事实上，Painter和她的同事在他们的研究中发现了两名患有这种类型血管肉瘤的参与者，他们在对标准治疗无效后，服用了标示外的免疫检查点抑制剂，对治疗的反应异常好。

佩因特和他的团队在期刊上发表之前公开展示了他们的发现，血管肉瘤研究界对此引起了注意。

“血管肉瘤数据集令人难以置信，”威斯康星医学院癌症中心临床研究副主任肿瘤学家Razelle Kurzrock说。“各种调查人员不可能单独积累这样的数据。”

Kurzrock与华盛顿大学肿瘤学家Wagner等人合作，对血管肉瘤项目的数据进行了分析，进一步支持了免疫检查点封锁可能帮助一些患者的观点。研究结果帮助他们将血管肉瘤患者纳入正在进行的临床试验。库兹罗克说:“由于有这样的数据集，我们只能从实验室迅速发展到临床，以满足未满足的需求——如血管肉瘤等致命的超罕见疾病。”

在他们的试验中，Kurzrock和Wagner观察到一些面部或头皮血管肉瘤患者对免疫治疗的反应非常好，证实了血管肉瘤项目的结果。他们现在计划测试这种疗法是否能在疾病传播之前帮助一些早期患者。

瓦格纳也在弗雷德·哈钦森癌症研究中心工作，他说:“把我算在内是第一次努力强调一种罕见的癌症，现在很明显，这种治疗可能对一些人有益。”“如果没有CMI，推进可能会被推迟，甚至可能会发生。”

活生生的数据库

在CMI为全球研究人员的发现提供支持的同时，项目科学家正在使用Count Me In数据生成自己的见解。转移性前列腺癌项目(转移性前列腺癌项目)的科学家最近发表了一份分析报告，分析了700多名患者的数据，其中许多人来自农村或医疗服务不足的地区。由于该项目与患者直接合作，研究人员能够在研究期间从他们那里收集更多的数据点，并观察他们的肿瘤是如何随着时间和治疗后发生变化的。科学家们对愿意为研究提供多个血液样本的患者数量感到惊讶。这使得研究人员能够追踪同一患者的基因变化，并观察前列腺癌在生长和扩散过程中的演变过程——这一见解可以帮助科学家找出如何阻止或减缓这种生长。

“在转移性前列腺癌中，我们通常不会对晚期患者进行活组织检查”，部分原因是这种疾病经常扩散到无法触及的骨骼区域，Broad的副成员、丹娜-法伯癌症研究所和哈佛医学院的副教授Eli Van Allen说。“使用这种直接对患者的机制，我们可以将试剂盒送到患者所在的地方，以获取血液样本进行分析，这使这项研究成为可能。”

有了这些和其他早期迹象，他们的工作开始有了回报，Count Me In团队一直在扩大他们的努力。他们增加了针对食道癌、胃癌、骨肉瘤、原发性脑瘤、结直肠癌和一种罕见的平滑肌肉瘤的项目，并向癌症研究团体发布了许多数据集。2021年，项目负责人向美国或加拿大被诊断为任何类型癌症的患者开放了他们的平台，这样研究人员就可以从任何想要纳入的患者那里学习。

数十份使用CMI数据的科学出版物和正在进行的研究说明了CMI模式是如何影响癌症研究的，无论是在实验室还是在临床。“最终，我们试图做的是改变生活，我们开始看到这是如何发生的例子，”佩因特说。

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