使用Metagenomic测序以快速识别体液中的病原体

来自加州大学旧金山的研究人员团队LEEDS教学医院NHS信任，陈扎克尔格BioHub发现，可以使用Metagenomic测序来快速识别人体流体中的病原体。在他们的论文中发表在期刊上自然医学该小组描述了他们用来自不同人群的多种体液进行的测试，其中大多数人都因疾病住院。

目前诊断可能感染的病人的方法是收集血液或组织样本并将它们发送到实验室进行测试。在大多数情况下测试落入两类中的一个：培养看病毒，真菌或细菌的成长，或聚合酶链反应（PCR），其中检测DNA以鉴定异物。随着研究人员所用的，文化需要时间生长，只能在医生已经确定感染的性质时使用PCR。在这一新的努力中，研究人员报告了这一点宏基因组测序可加快病原鉴定。

在Metagenomic测序中，遗传物质检索从环境样品比如尿液，脓液或脑液然后测序。在这项新研究中，研究人员测试了使用宏基因组测序作为快速识别细菌、真菌或病毒感染的手段的可能性。

这项工作包括从158名病人身上收集各种体液，其中大多数人都曾住进医院接受治疗。在这些患者中，127人已被诊断为一种特定病原体，而9人通过培养试验未被感染，但其PCR结果呈阳性。

来测试样品，研究人员使用纳米孔或illumina测序来提出新的测序方法。它们称为IT Metagenomic下一代测序（MNG）。测试显示它是准确的，比其他方法快得多。当使用纳米孔测序时，它们发现它具有细菌敏感性的精度为79.2％，具有90.6％的特定于75％敏感和81.4％的敏感。他们还发现这种测试可以在几个小时内完成。

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