GigaScience发布一个虚拟盒喜欢帮助对抗心脏病

今天发表在开放获取期刊和开放的数据GigaScience从大学,研究人员为皇马在西班牙和美国国立卫生研究院提供开放的数据共享的一个奇妙的例子,帮助构建这些精确的工具:大量的病人图像数据[1]。更好:使可再生的比较新的工具,研究人员和杂志已经出版和包装数据的不同寻常的步骤与工具、脚本和运行实验所需的软件。这是可供下载GigaScience的GigaDB数据库作为一个“虚拟硬盘”[2],特别是允许研究人员直接运行实验本身和添加自己的注释数据集。

心脏病发作是最常见的原因冠心病。诊断是开始治疗预防此类事件的关键。一个有用的工具在对抗这头号杀手核磁共振成像,它允许直接检查血液流向心脏的心肌。然而,对于这个灌注分析技术是最有效的需要病人的呼吸运动补偿,这是通过使用复杂的图像处理方法。因此,有必要提高这些工具和算法。实现的事情的关键是大型公开的核磁共振数据集允许的可用性测试、优化和发展新方法。

作为一个潜在用户的这些资源,Alistair教授年轻,奥克兰磁共振研究集团的技术总监说:“大量医学成像数据正在成为可以通过注册中心和大型人口研究。验证,自动化方法需要从这些资源中获得最大收益。摘要Kellman Wollny和例证共享数据和算法如何推进现有方法的领域提供了一个平台可以针对现有的基准测试和验证新方法。这样的基准数据集是必不可少的推动该领域通过客观的指标和标准。”

让一切结束在一个虚拟机也让事情简单的科学同行评审和发布过程中,设置,包和文件位置已经设置在一个工作配置。一个人执行这个测试过程,数据科学家罗伯特·戴维森博士GigaScience说“实际上测试代码审查期间几乎是可悲的是小说的概念,需要推出作为标准。但更多的:如果审稿人很容易,很容易为社区使用。”

作为重要的改善诊断为世界头号死因宽,被撤销的发表科学论文的持续上升,使得直接的手段提高文章再现性是至关重要的,对于当前的能力可以信任她们未来的研究的结果是建立和防止公共研究社区基金失去信心。发布一个虚拟机,一个交互式和可执行发布提供了一个示例科学界和测试用例来论证一个潜在的新类型的学术产出。