编码变异牛皮癣的贡献比想象的要小得多

编码免疫疾病相关基因变异玩只有一小部分在整个牛皮癣的遗传风险,根据一项新的研究由安徽医科大学和华大基因研究院。这个结论是强烈支持的调查功能编码变异的贡献在21309年中国个人牛皮癣。在这样一个大规模的调查,研究人员只发现两个独立的低频变异与温和的对疾病风险的影响。最新的研究发表在网上自然遗传学。

银屑病是一个复杂的,长期的,终身的皮肤疾病。它通常第一次罢工的人年龄在15到35岁,但可以影响任何人在任何年龄,包括孩子。这可怕的疾病是多种因素相互作用的结果,如环境、遗传学和免疫学。快速和具有成本效益的测序技术使研究人员挖出大量风险变异在牛皮癣,但功能编码变异,尤其是低频和罕见变异,没有系统地调查。

在这项研究中,研究人员将两阶段识别编码变异。在发现阶段,他们在781年进行外显子组测序没有牛皮癣银屑病患者和676人控制。努力取得了518308个单核苷酸变异(SNVs)。这些变异,20.62%是产生的,68.13%是罕见的。

考虑样本容量的限制和技术的探索阶段,研究人员执行9946大样本的独立研究银屑病患者和9906名对照使用有针对性的测序。总共3.2 Mb的编码DNA周围目标地区的1326个基因(占地133 SNVs 622免疫疾病相关基因,和一些顶级基因)被捕。他们完全确定82387年产生SNVs,其中97.07%是罕见的。

通过进一步分析,他们发现了两个独立的错义SNVs IL23R和GJB2低频和五个常见的错义SNVs LCE3D, ERAP1, CARD14 ZNF816A与牛皮癣在全基因组相关的意义。罕见的错义SNVs FUT2和TARBP1也观察到的暗示与这种疾病的证据。

除了SNVs分析,研究人员调查访问了622位免疫疾病相关基因,结果表明,编码变异,至少常见和低频产生变异,牛皮癣的独立贡献有限的风险。一起研究结果,研究表明,产生SNVs 1326目标基因对牛皮癣的总体遗传风险的贡献有限。

与以前的工作对欧洲人口相比,这项研究也证明了欧洲和中国种群间遗传异质性。错义变体(rs72474224)在中国GJB2似乎是针对个人,而另一个(rs11209026) IL23R特定于欧洲人。和另一种常见的错义变体(rs11652075) CARD14显示欧洲和中国之间的样品一致。

BGI鑫金,这项研究的作者之一,说,“目标排序在这样一个大样本大小使我们在这些地区调查各种变体。虽然我们没有确定任何低频或罕见的编码变异与遗传效应强,数据帮助我们完善几个已知的GWAS休闲变异位点和识别一些候选人。还有待证明有限罕见的编码变异的贡献是否也适用于其他地区以外的目标和其他常见疾病牛皮癣。"