基因组数据库缺乏多样性可能会影响少数群体的治疗选择

根据梅奥诊所发表在《美国医学杂志》上的一项新研究，公共基因组数据库中少数族裔群体的低代表性可能会影响黑人癌症患者的治疗选择npj精密肿瘤学。

研究人员调查了基因组数据库的使用，发现黑人患者的肿瘤突变负担明显高于白人患者。

该研究的结果是，使用公共基因组数据库的临床医生需要意识到肿瘤突变负荷值膨胀的可能性，以及这可能如何影响治疗选择和结果，特别是对代表性不足的患者。

临床医生使用生物标记物，这是一种疾病或状况的指标，以确定患者是否可能受益于免疫疗法，一种用于治疗癌症的治疗。其中一个生物标记是肿瘤突变负担，数量突变在肿瘤中正常细胞。在计算肿瘤突变负荷时，大多数情况下不使用正常细胞，而使用突变基因组数据库或算法来过滤结果。

研究小组收集了701名新诊断为多发性骨髓瘤的患者的数据，其中包括575名白人患者和126名黑人患者。研究小组分析了病人的DNA肿瘤细胞和健康细胞来确定差异。该团队对肿瘤和种系外显子组测序数据进行配对，以分析这两种DNA来源之间的差异。然后，他们利用公共数据库从肿瘤测序数据中筛选突变变体。

“目前，FDA已经批准了每百万碱基DNA超过10个突变的门槛，以选择接受免疫治疗的患者，”Yan Asmann说。他是梅奥诊所的生物信息学家，也是这项研究的第一作者。

使用免疫检查点抑制剂(一种阻断称为检查点的蛋白质的药物)的免疫治疗有助于身体识别和攻击癌细胞，并显著提高了多种癌症患者的存活率。然而，由于这些抑制剂的自身免疫毒性可能是严重的，因此有准确的肿瘤突变负担作为生物标志物来提高预测患者最佳治疗的能力是至关重要的。肿瘤突变负担是通过计算患者肿瘤DNA的变化数量来确定的。

“当你没有来自患者正常细胞的DNA时，确定肿瘤突变负担变得困难，”亚伦·曼斯菲尔德(Aaron Mansfield)医学博士说，他是梅奥诊所的医学肿瘤学家，也是论文的通讯作者。“因此，参考基因组被用来与肿瘤进行比较，以估计负担。”

根据曼斯菲尔德博士与患者打交道的经验，他担心这种确定肿瘤突变负担的方法是不准确的，尤其是在参考基因组数据库中没有很好代表祖先背景的患者中。

曼斯菲尔德博士说:“从单个患者的角度来看，我们的研究结果表明，当我们对肿瘤进行排序时，对配对的正常组织进行排序以准确识别差异也很重要。”“在研究界的层面上，我们需要继续改善参考基因组数据库中具有不同祖先背景的患者的代表性。”

据曼斯菲尔德博士说，准确的肿瘤突变负担在目前治疗的癌症中尤为重要免疫抑制剂检查站包括乳腺癌、膀胱癌、宫颈癌、结肠癌、头颈部癌、肝癌、肺癌、肾细胞癌、胃癌和直肠癌，以及霍奇金淋巴瘤、黑色素瘤和其他实体癌肿瘤无法修复DNA复制过程中的错误。

“需要认识到的是，我们在多发性骨髓瘤患者中进行了这项原则性研究。然而，发现的种族差异肿瘤基因突变的负担“通货膨胀可能适用于所有类型的癌症，”曼斯菲尔德博士说。

基因组研究中缺乏不同背景的代表性是众所周知的。在超过6万人的基因分型和测序中，只有8.6%的人具有非洲血统，而54.9%的人具有非芬兰欧洲血统。

曼斯菲尔德博士说:“世界各地的许多研究人员都在寻找方法，以提高选择接受免疫治疗的患者的能力。”“我们用一种方法发现了问题，并提出了解决方案。”