对COVID-19基因组的分析显示,3月份有大量病毒被引入英国

对COVID-19基因组的分析显示,3月份有大量病毒被引入英国
分配的谱系(使用Pangolin软件;由爱丁堡大学开发)可用于跟踪谱系对英国的传播。使用MicroreAct报告和可视化数据(http://microreAct.org)。该地图显示了在英国的16个中心测序的每个位置的不同谱系的比例。信贷:大数据学院

据记录,大约有40种SARS-CoV-2病毒谱系在英国传播,其中一些已经灭绝,而另一些则蓬勃发展。在此之前,单一毒株的不同血统通过来自全球各地的多次输入进入英国,包括欧洲国家,如西班牙、意大利和法国。

目前,英国境内的国际血统减少,新冠肺炎病例来自本地传播,而非来自其他国家的输入。由英国COVID-19基因组学协会(COVID-19 Genomics UK Consortium, COG-UK)发布的数据报告显示,在英国各地绘制COVID-19谱系,有助于了解病毒在国家、地区和地方层面的传播情况。

截至5月22日,英国已对2万多个COVID-19阳性病毒基因组进行了测序,这是受大流行影响的任何单个国家中COVID-19基因组测序数量最多的。

通过COG-UK内的研究人员正在产生和利用这些基因组序列,以识别在英国循环的病毒的不同谱系。尽管,这一卷测序证实了英国的所有Covid-19案件分享来自中国最近的共同祖先;所有案件密切相关。谱系确定对病毒的少量变化突出显示能够监测和跟踪时间,但不会发出爆发的这一点上的新菌株的出现。

这些数据将帮助英国政府了解英国的传播模式,以帮助在英国特定地区集中采取不同的干预措施,以控制病毒的传播,并最终拯救生命。

英国COVID-19基因组学联盟(COG-UK)由英国国家医疗服务体系、公共卫生机构和众多学术和研究机构组成,正在从COVID-19阳性样本中提供大规模、快速的SARS-CoV-2病毒测序,并与医院、地区NHS中心和政府共享情报。

对COVID-19基因组的分析显示,3月份有大量病毒被引入英国
系统发育树表明了英国基因组在全球环境中的位置。信贷:大数据学院

最新的英国COVID-19数据报告显示,大量病毒从世界各地独立传入英国,导致目前或已经在英国流行的约40种COVID-19谱系。然而,近期数据显示,英国新冠肺炎病例是由本地传播引起的,而非来自其他国家的人前往英国。

一个动态该联盟开发的分配方法能够监测英国境内SARS-Cov2随时间变化的动态,通过交互式网络应用程序绘制数据并公开发布。

通过联合王国cog生成的数据将用于提供城市或地方当局一级的病毒状况报告,包括复制数量的估计数。

“通过分析和比较导致COVID-19的SARS-CoV-2病毒的不同谱系,我们可以看到病毒是如何在英国传播的,并确定新病例是由本地传播而不是从其他国家输入。牛津大学大数据研究所基因组病原体监测中心主任David Aanensen教授说。

“自3月下旬开始该项目以来,该联盟已经测序了来自正Covid-19样品的20,000多个病毒基因组。通过申请世界级的令人惊叹的合作网络和我们的工作人员进行这一规模的项目Gelcome Sanger Institute的科学业务主任Cordelia Langford博士说,基因组学和传染病监测的专业知识。“

“这是我们最近一次面临的最大威胁之一,对帮助我们抗击它是明设它是如何传播的。利用创新的基因组技术将有助于我们挑逗英国冠状病毒的复杂图片,并迅速评估减少这种疾病对社会影响的方法,“Covid-19基因组学英国联盟主任Sharon Peacock教授(COG-UK)。


进一步探索

科学家序列超过1,000个Covid-19基因组,以帮助大流行反应

更多信息:COG-UK数据报告周期2(4月1日)和3(4月9日)在此处提供:www.cogconsortium.uk/news/
引文:Covid-19基因组的分析显示3月份英国的大量介绍(5月25日)从//www.puressens.com/news/2020-05-analysis-covid-genomes-reveals--大.html.
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