人工肾组织阿特拉斯的引用

一组研究人员包括延斯•汉森,雷切尔•Sealfon Rajastree梅农和同事肾脏精密医学项目,建立在现有特定人类肾脏组织阿特拉斯有关卫生保健在单细胞决议。他们先进的atlas通过集成参考地图的细胞,现有产品通路和基因。这些添加涉及影响的区域切除组织和undiseased人类活组织检查。团队目标单细胞核转录组包括sub-segmental激光显微解剖转录组和蛋白质组学识别这些基因,通路和细胞。结果再描述了肾脏的功能组织相对于其生理功能,然后与细胞亚型基因,蛋白质,代谢产物和途径。信使RNA水平沿肾单位同意与sub-segmental生理活动提供参考atlas框架分类肾病临床表型与多个分子机制基本收敛。

人类肾脏地图集的引用

肾脏保持不同的细胞群和促进生理体内平衡是至关重要的通过调节液体和电解质平衡,渗透性和博士肾元肾脏组织的基本单位,是嵌入在间质,其中包含从210000年到270万年肾元。肾单位和间质维护多个细胞类型形成血管和毛细血管,包括内皮细胞和血管平滑肌细胞,以及一系列的免疫细胞。研究人员保持着持续的努力开发结构endo-phenotype肾组织内人际关系理解器官的生理和病理生理学。在这个工作中,汉森等研究了56个成年人人类被试,并分析80289单个细胞。科学家们建造的地图不同肾脏细胞类型以及分子实体和功能通路在这些细胞形成一个独特的参考人类肾脏地图集。这项研究的数据可以作为一个下载交互式细胞阿特拉斯提供一个起点,了解肾脏疾病和项目一个新的功能上下文驱动的新分子分类肾脏疾病。

肾脏精密医学项目(KPMP)财团

建立参考图谱,科学家们首先进行了各种各样的组学数组在不同的地点和低吞吐量成像实验。工作中使用的样本没有任何结构性疾病的迹象,并从肾脏切除及活检获得捐助者和移植受者。基于共享的组织样本,汉森等四个转录组,进行两个蛋白质组,两个成像,和一个空间代谢组学组织审讯化验。研究人员然后集成多个转录组审讯方式显示协议和技术之间的协同作用分析。结果证实了所有已知的主要肾组织细胞类型的肾单位和多种免疫细胞。团队进行额外的独立方法改善atlas框架。

结合蛋白质组和转录组分析

汉森等执行subsegment-specific蛋白质表达谱通过两种不同的蛋白质组学分析生产生物补充描述。分析确定了蛋白表达在肾小球和tubulointerstitium,以及近端小管。他们专注于足突细胞/肾小球和近端小管细胞在工作和sub-segmented分为四个转录组数据集。基于聚类数据集,他们容易识别基因或蛋白质组与适当的解剖区域有关。结果强调了意义的基因或蛋白质的相对表达水平来表示相应的解剖区域的肾脏。多个数据集的结合增加了结果的准确性。团队进一步集成成像检测实验安排不同的细胞亚型沿肾单位和间质记录的顺序遇到了肾小球滤液。

细胞生理功能的分子基础的决议

后建立一致性转录组、蛋白质组学和影像数据集,汉森等集成数据来识别特定类型细胞功能通路和网络模块。他们使用个人的单细胞分析和single-nucleus RNA序列数据集通过识别的通路称为表达基因。工作的识别从肾脏功能不同的细胞类型。进一步的结果建立了精度分配通路和生理功能不同的细胞类型。团队受到前300名的重要基因和蛋白质标记每个细胞类型或亚型动态富集分析细胞的分子生物学本体分析。他们获得不到300显著标记,因此他们用于下游分析和绘制他们的预测路径创建一个详细的地图路径活动的所有主要在肾细胞类型。结果发现许多知名为一系列肾脏细胞类型的细胞活动。

确定网站容易肾损伤

科学家们还研究了能源发电途径不同细胞在肾小管的肾元生成本体的代谢途径。他们映射到不同的路径的表达模式参与有氧和厌氧能源生产不同级别的氧的可用性肾单位的不同部分。允许他们的比较来确定高的地区,对低氧诱导肾损伤易感性。分子的代谢途径的阿特拉斯一般前景提供了一个基本的了解肾脏由于缺氧损伤在临床设置。团队进行研究,以确定的百分比过滤离子或小分子吸收特定的段输尿管肾元或排泄的。因为一些肾元段包含多个细胞类型与不同的再吸收机制,他们关注细胞特定类型传输机制。因此细胞图谱提供了一个详细的图片与实验重吸收钠重吸收的协议配置文件第一次。